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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data
Artículo
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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data
Mark D. Robinson; Davis J. McCarthy; Gordon K. Smyth · Bioinformatics · 2009
SUMMARY: It is expected that emerging digital gene expression (DGE) technologies will overtake microarray technologies in the near future for many functional genomics applications. One of the fundamental data analysis ta...
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BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs
Artículo
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BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs
Felipe A. Simão; Robert M. Waterhouse; Panagiotis Ioannidis; Evgenia V. Kriventseva; Evgeny M. Zdobnov · Bioinformatics · 2015
MOTIVATION: Genomics has revolutionized biological research, but quality assessment of the resulting assembled sequences is complicated and remains mostly limited to technical measures like N50. RESULTS: We propose a mea...
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Geneious Basic: An integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data
Artículo
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Geneious Basic: An integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data
Matthew D. Kearse; Richard Moir; Amy Wilson; Steven Stones-Havas; Matthew Cheung; Shane Sturrock; Simon Buxton; Alex Cooper · Bioinformatics · 2012
UNLABELLED: The two main functions of bioinformatics are the organization and analysis of biological data using computational resources. Geneious Basic has been designed to be an easy-to-use and flexible desktop software...
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