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4 resultados encontrados.

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Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome
Artículo
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Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome
Ben Langmead; Cole Trapnell; Mihai Pop; Steven L. Salzberg · Genome biology · 2009
Bowtie is an ultrafast, memory-efficient alignment program for aligning short DNA sequence reads to large genomes. For the human genome, Burrows-Wheeler indexing allows Bowtie to align more than 25 million reads per CPU ...
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Gene ontology analysis for RNA-seq: accounting for selection bias
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Gene ontology analysis for RNA-seq: accounting for selection bias
Matthew D. Young; Matthew J. Wakefield; Gordon K. Smyth; Alicia Oshlack · Genome biology · 2010
We present GOseq, an application for performing Gene Ontology (GO) analysis on RNA-seq data. GO analysis is widely used to reduce complexity and highlight biological processes in genome-wide expression studies, but stand...
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Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)
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Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)
Yong Zhang; Tao Liu; Clifford A. Meyer; Jérôme Eeckhoute; David S. Johnson; B Bernstein; Chad Nusbaum; R Myers · Genome biology · 2008
We present Model-based Analysis of ChIP-Seq data, MACS, which analyzes data generated by short read sequencers such as Solexa's Genome Analyzer. MACS empirically models the shift size of ChIP-Seq tags, and uses it to imp...
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TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions
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TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions
Daehwan Kim; Geo Pertea; Cole Trapnell; Harold Pimentel; Ryan Kelley; Steven L. Salzberg · Genome biology · 2013
TopHat is a popular spliced aligner for RNA-sequence (RNA-seq) experiments. In this paper, we describe TopHat2, which incorporates many significant enhancements to TopHat. TopHat2 can align reads of various lengths produ...
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