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AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading
Artículo
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AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading
Oleg Trott; Arthur J. Olson · Journal of Computational Chemistry · 2009
AutoDock Vina, a new program for molecular docking and virtual screening, is presented. AutoDock Vina achieves an approximately two orders of magnitude speed-up compared with the molecular docking software previously dev...
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Settle: An analytical version of the SHAKE and RATTLE algorithm for rigid water models
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Settle: An analytical version of the SHAKE and RATTLE algorithm for rigid water models
Shuichi Miyamoto; Peter A. Kollman · Journal of Computational Chemistry · 1992
Abstract An analytical algorithm, called SETTLE, for resetting the positions and velocities to satisfy the holonomic constraints on the rigid water model is presented. This method is still based on the Cartesian coordina...
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