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64 resultados encontrados.

Tipos de recurso: Libro electrónico Artículo Revista Tesis Capítulo
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Chemistry with ADF
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
G. te Velde; F. Matthias Bickelhaupt; Evert Jan Baerends; Célia Fonseca Guerra; S. J. A. van Gisbergen; J. G. Snijders; Tom Ziegler · Journal of Computational Chemistry · 2001
Abstract We present the theoretical and technical foundations of the Amsterdam Density Functional (ADF) program with a survey of the characteristics of the code (numerical integration, density fitting for the Coulomb pot...
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The M06 suite of density functionals for main group thermochemistry, thermochemical kinetics, noncovalent interactions, excited states, and transition elements: two new functionals and systematic testing of four M06-class functionals and 12 other functionals
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Yan Zhao; Donald G. Truhlar · Theoretical Chemistry Accounts · 2007
We present two new hybrid meta exchange- correlation functionals, called M06 and M06-2X. The M06 functional is parametrized including both transition metals and nonmetals, whereas the M06-2X functional is a high-nonlocal...
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Density-functional thermochemistry. III. The role of exact exchange
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Axel D. Becke · The Journal of Chemical Physics · 1993
Despite the remarkable thermochemical accuracy of Kohn–Sham density-functional theories with gradient corrections for exchange-correlation [see, for example, A. D. Becke, J. Chem. Phys. 96, 2155 (1992)], we believe tha...
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Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Christopher A. Lipinski; Franco Lombardo; Beryl W. Dominy; Paul J. Feeney · Advanced Drug Delivery Reviews · 1997
Materias / palabras clave: Solubility; Drug discovery; Chemistry; Thermodynamics; Permeability (electromagnetism); Hildebrand solubility parameter; Permeation; Work (physics); Computational chemistry; Organic chemistry; Physics; Membrane
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Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings 1PII of original article: S0169-409X(96)00423-1. The article was originally published in Advanced Drug Delivery Reviews 23 (1997) 3–25. 1
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Página del recurso disponible Texto / recurso OpenAlex
Christopher A. Lipinski; Franco Lombardo; Beryl W. Dominy; Paul J. Feeney · Advanced Drug Delivery Reviews · 2001
Materias / palabras clave: Solubility; Drug discovery; Thermodynamics; Chemistry; Permeability (electromagnetism); Computational chemistry; Physics; Organic chemistry; Membrane; Biochemistry
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CHARMM: The biomolecular simulation program
Texto / recurso
Página del recurso disponible Texto / recurso OpenAlex
Bernard R. Brooks; Charles L. Brooks; Alexander D. MacKerell; Lennart Nilsson; Robert J. Petrella; Benoı̂t Roux; Youngdo Won; Georgios Archontis · Journal of Computational Chemistry · 2009
CHARMM (Chemistry at HARvard Molecular Mechanics) is a highly versatile and widely used molecular simulation program. It has been developed over the last three decades with a primary focus on molecules of biological inte...
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General atomic and molecular electronic structure system
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Michael W. Schmidt; Kim K. Baldridge; Jerry A. Boatz; Stephen T. Elbert; Mark S. Gordon; Jan H. Jensen; Shiro Koseki; Nikita Matsunaga · Journal of Computational Chemistry · 1993
Abstract A description of the ab initio quantum chemistry package GAMESS is presented. Chemical systems containing atoms through radon can be treated with wave functions ranging from the simplest closed‐shell case up t...
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SwissADME: a free web tool to evaluate pharmacokinetics, drug-likeness and medicinal chemistry friendliness of small molecules
Artículo
Acceso institucional disponible Artículo OpenAlex
Antoine Daina; Olivier Michielin; Vincent Zoete · Scientific Reports · 2017
To be effective as a drug, a potent molecule must reach its target in the body in sufficient concentration, and stay there in a bioactive form long enough for the expected biologic events to occur. Drug development invol...
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Institucional
<scp>CHARMM</scp>: A program for macromolecular energy, minimization, and dynamics calculations
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Bernard R. Brooks; Robert E. Bruccoleri; Barry D. Olafson; David J. States; S. Swaminathan; Martin Karplus · Journal of Computational Chemistry · 1983
Abstract CHARMM ( C hemistry at HAR vard M acromolecular M echanics) is a highly flexible computer program which uses empirical energy functions to model macromolecular systems. The program can read or model build struct...
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Development and testing of a general amber force field
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Junmei Wang; Romain M. Wolf; James W. Caldwell; Peter A. Kollman; David A. Case · Journal of Computational Chemistry · 2004
We describe here a general Amber force field (GAFF) for organic molecules. GAFF is designed to be compatible with existing Amber force fields for proteins and nucleic acids, and has parameters for most organic and pharma...
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Material complementario
P<scp>ACKMOL</scp>: A package for building initial configurations for molecular dynamics simulations
Artículo
Texto completo disponible Artículo OpenAlex
Leandro Martı́nez; Ricardo Andrade; Ernesto G. Birgin; J. M. Martı́nez · Journal of Computational Chemistry · 2009
Adequate initial configurations for molecular dynamics simulations consist of arrangements of molecules distributed in space in such a way to approximately represent the system's overall structure. In order that the simu...
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Texto completo
AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Garrett M. Morris; Ruth Huey; William Lindstrom; Michel F. Sanner; Richard K. Belew; David S. Goodsell; Arthur J. Olson · Journal of Computational Chemistry · 2009
We describe the testing and release of AutoDock4 and the accompanying graphical user interface AutoDockTools. AutoDock4 incorporates limited flexibility in the receptor. Several tests are reported here, including a redoc...
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Material complementario
GROMACS: Fast, flexible, and free
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
David van der Spoel; Erik Lindahl; Berk Hess; Gerrit Groenhof; Alan E. Mark; Herman J. C. Berendsen · Journal of Computational Chemistry · 2005
This article describes the software suite GROMACS (Groningen MAchine for Chemical Simulation) that was developed at the University of Groningen, The Netherlands, in the early 1990s. The software, written in ANSI C, origi...
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The Amber biomolecular simulation programs
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
David A. Case; Thomas E. Cheatham; Tom Darden; Holger Gohlke; Ray Luo; Kenneth M. Merz; Alexey V. Onufriev; Carlos Simmerling · Journal of Computational Chemistry · 2005
We describe the development, current features, and some directions for future development of the Amber package of computer programs. This package evolved from a program that was constructed in the late 1970s to do Assist...
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Semiempirical GGA‐type density functional constructed with a long‐range dispersion correction
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Stefan Grimme · Journal of Computational Chemistry · 2006
A new density functional (DF) of the generalized gradient approximation (GGA) type for general chemistry applications termed B97-D is proposed. It is based on Becke's power-series ansatz from 1997 and is explicitly param...
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A new mixing of Hartree–Fock and local density-functional theories
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Axel D. Becke · The Journal of Chemical Physics · 1993
Previous attempts to combine Hartree–Fock theory with local density-functional theory have been unsuccessful in applications to molecular bonding. We derive a new coupling of these two theories that maintains their sim...
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Comparison of simple potential functions for simulating liquid water
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
William L. Jorgensen; Jayaraman Chandrasekhar; Jeffry D. Madura; Roger Impey; Michael L. Klein · The Journal of Chemical Physics · 1983
Classical Monte Carlo simulations have been carried out for liquid water in the NPT ensemble at 25 °C and 1 atm using six of the simpler intermolecular potential functions for the water dimer: Bernal–Fowler (BF), SPC,...
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Computer Simulation of Liquids
Libro electrónico
Página del recurso disponible Libro electrónico OpenAlex
Michael P. Allen; Dominic J. Tildesley · OpenAlex · 2017
Abstract This book provides a practical guide to molecular dynamics and Monte Carlo simulation techniques used in the modelling of simple and complex liquids. Computer simulation is an essential tool in studying the chem...
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Natural population analysis
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Alan E. Reed; Robert B. Weinstock; Frank Weinhold · The Journal of Chemical Physics · 1985
A method of ‘‘natural population analysis’’ has been developed to calculate atomic charges and orbital populations of molecular wave functions in general atomic orbital basis sets. The natural analysis is an alte...
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Quantum Calculation of Molecular Energies and Energy Gradients in Solution by a Conductor Solvent Model
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Vincenzo Barone; Maurizio Cossi · The Journal of Physical Chemistry A · 1998
A new implementation of the conductor-like screening solvation model (COSMO) in the GAUSSIAN94 package is presented. It allows Hartree−Fock (HF), density functional (DF) and post-HF energy, and HF and DF gradient calcu...
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Revealing Noncovalent Interactions
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Erin R. Johnson; Shahar Keinan; Paula Mori‐Sánchez; Julia Contreras‐García; Aron J. Cohen; Weitao Yang · Journal of the American Chemical Society · 2010
Molecular structure does not easily identify the intricate noncovalent interactions that govern many areas of biology and chemistry, including design of new materials and drugs. We develop an approach to detect noncovale...
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The ORCA program system
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Frank Neese · Wiley Interdisciplinary Reviews Computational Molecular Science · 2011
Abstract ORCA is a general‐purpose quantum chemistry program package that features virtually all modern electronic structure methods (density functional theory, many‐body perturbation and coupled cluster theories, an...
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Multiwfn: A multifunctional wavefunction analyzer
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Tian Lu; Feiwu Chen · Journal of Computational Chemistry · 2011
Multiwfn is a multifunctional program for wavefunction analysis. Its main functions are: (1) Calculating and visualizing real space function, such as electrostatic potential and electron localization function at point, i...
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Material complementario
A new hybrid exchange–correlation functional using the Coulomb-attenuating method (CAM-B3LYP)
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Takeshi Yanai; David P. Tew; Nicholas C. Handy · Chemical Physics Letters · 2004
Materias / palabras clave: Hybrid functional; Range (aeronautics); Chemistry; Density functional theory; Computational chemistry; Function (biology); Coulomb; Thermodynamics; Physics; Materials science; Quantum mechanics; Composite material
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