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All-Atom Empirical Potential for Molecular Modeling and Dynamics Studies of Proteins
Artículo
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All-Atom Empirical Potential for Molecular Modeling and Dynamics Studies of Proteins
Alexander D. MacKerell; Donald Bashford; M. Bellott; Roland L. Dunbrack; Jeffrey D. Evanseck; Martin J. Field; Stefan Fischer; Jun Gao · The Journal of Physical Chemistry B · 1998
New protein parameters are reported for the all-atom empirical energy function in the CHARMM program. The parameter evaluation was based on a self-consistent approach designed to achieve a balance between the internal (b...
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Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets
Artículo
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Metascape provides a biologist-oriented resource for the analysis of systems-level datasets
Yingyao Zhou; Bin Zhou; Lars Pache; Max W. Chang; Alireza Hadj Khodabakhshi; Olga Tanaseichuk; Christopher Benner; Sumit K. Chanda · Nature Communications · 2019
A critical component in the interpretation of systems-level studies is the inference of enriched biological pathways and protein complexes contained within OMICs datasets. Successful analysis requires the integration of ...
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