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Case Studies of Existing Human Tissue Repositories : "Best Practices" for a Biospecimen Resource for the Genomic and Proteomic Era

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Case Studies of Existing Human Tissue Repositories : "Best Practices" for a Biospecimen Resource for the Genomic and Proteomic Era

Eiseman, Elisa · RAND Corporation · ISBN 9780833035936;9780833035271

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Methods in statistical genomics : In the context of genome-wide association studies

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Methods in statistical genomics : In the context of genome-wide association studies

RTI Press/RTI International · ISBN 9781934831168

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Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration

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Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration

Helga Thorvaldsdóttir; James Robinson; Jill P. Mesirov · Briefings in Bioinformatics · 2012

Data visualization is an essential component of genomic data analysis. However, the size and diversity of the data sets produced by today's sequencing and array-based profiling methods present major challenges to visuali...

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The cBio Cancer Genomics Portal: An Open Platform for Exploring Multidimensional Cancer Genomics Data

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The cBio Cancer Genomics Portal: An Open Platform for Exploring Multidimensional Cancer Genomics Data

Ethan Cerami; Jianjiong Gao; Uğur Doğrusöz; Benjamin Groß; S. Onur Sumer; Bülent Arman Aksoy; Anders J. Skanderup; Caitlin J. Byrne · Cancer Discovery · 2012

The cBio Cancer Genomics Portal (http://cbioportal.org) is an open-access resource for interactive exploration of multidimensional cancer genomics data sets, currently providing access to data from more than 5,000 tumor ...

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SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing

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SPAdes: A New Genome Assembly Algorithm and Its Applications to Single-Cell Sequencing

Anton Bankevich; Sergey Nurk; Dmitry Antipov; Alexey Gurevich; Mikhail Dvorkin; Alexander S. Kulikov; Valery M. Lesin; Sergey Nikolenko · Journal of Computational Biology · 2012

The lion's share of bacteria in various environments cannot be cloned in the laboratory and thus cannot be sequenced using existing technologies. A major goal of single-cell genomics is to complement gene-centric metagen...

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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data

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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data

Mark D. Robinson; Davis J. McCarthy; Gordon K. Smyth · Bioinformatics · 2009

SUMMARY: It is expected that emerging digital gene expression (DGE) technologies will overtake microarray technologies in the near future for many functional genomics applications. One of the fundamental data analysis ta...

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A global reference for human genetic variation

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A global reference for human genetic variation

Corresponding authors; Adam Auton; Gonçalo R. Abecasis; David M. Altshuler; Richard Durbin; Gonçalo R. Abecasis; David R. Bentley; Aravinda Chakravarti · Nature · 2015

The 1000 Genomes Project set out to provide a comprehensive description of common human genetic variation by applying whole-genome sequencing to a diverse set of individuals from multiple populations. Here we report comp...

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Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data

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Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data

Kosuke Yoshihara; Maria Shahmoradgoli; Emmanuel Martínez; Rahulsimham Vegesna; Hoon Kim; Wandaliz Torres‐García; Víctor Treviño; Hui Shen · Nature Communications · 2013

Infiltrating stromal and immune cells form the major fraction of normal cells in tumour tissue and not only perturb the tumour signal in molecular studies but also have an important role in cancer biology. Here we descri...

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Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets

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Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets

Christopher Chang; Carson C. Chow; Laurent CAM Tellier; Shashaank Vattikuti; Shaun Purcell; James J. Lee · GigaScience · 2015

BACKGROUND: PLINK 1 is a widely used open-source C/C++ toolset for genome-wide association studies (GWAS) and research in population genetics. However, the steady accumulation of data from imputation and whole-genome seq...

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Genomics Communications

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Genomics Communications

Maximum Academic Press; China · ISSN 3066-3857

Materias / palabras clave: genomic studies, developments in genomics; Science: Biology (General): Genetics

Idioma English

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BJC Reports

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BJC Reports

Nature Portfolio; United Kingdom · ISSN 2731-9377

Materias / palabras clave: clinical studies, translational therapeutics, molecular diagnostics, genetics and genomics, cellular and molecular biology, epidemiology; Medicine: Internal medicine: Neoplasms. Tumors. Oncology. Including cancer and car...

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Journal of Stem Cell Research and Tissue Engineering

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Journal of Stem Cell Research and Tissue Engineering

Universitas Airlangga; Indonesia · ISSN 2614-1264

Materias / palabras clave: stem cells, including embryonic stem cells, tissue-specific stem cells, cancer stem cells, developmental studies, genomics and translational research; Medicine: Internal medicine

Idioma English

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