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45 resultados encontrados.

Tipos de recurso: Libro electrónico Artículo Revista Tesis Capítulo
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Introduction to automata theory, languages and computation
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Mathematics and Computers in Simulation · 1981
Materias / palabras clave: Exposition (narrative); Computer science; Automaton; Computation; Theory of computation; Theoretical computer science; Automata theory; Formal language; Model of computation; Programming language; Art; Literature
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Effect of the damping function in dispersion corrected density functional theory
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Stefan Grimme; Stephan Ehrlich; Lars Goerigk · Journal of Computational Chemistry · 2011
It is shown by an extensive benchmark on molecular energy data that the mathematical form of the damping function in DFT-D methods has only a minor impact on the quality of the results. For 12 different functionals, a st...
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STRING v10: protein–protein interaction networks, integrated over the tree of life
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Damian Szklarczyk; Andrea Franceschini; Stefan Wyder; Kristoffer Forslund; Davide Heller; Jaime Huerta‐Cepas; Milan Simonovic; Alexander Röth · Nucleic Acids Research · 2014
The many functional partnerships and interactions that occur between proteins are at the core of cellular processing and their systematic characterization helps to provide context in molecular systems biology. However, k...
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Material complementario
A consistent and accurate<i>ab initio</i>parametrization of density functional dispersion correction (DFT-D) for the 94 elements H-Pu
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Stefan Grimme; Jens Antony; Stephan Ehrlich; Helge Krieg · The Journal of Chemical Physics · 2010
The method of dispersion correction as an add-on to standard Kohn-Sham density functional theory (DFT-D) has been refined regarding higher accuracy, broader range of applicability, and less empiricism. The main new ingre...
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Material complementario
Application of Phylogenetic Networks in Evolutionary Studies
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Daniel H. Huson; David Bryant · Molecular Biology and Evolution · 2005
The evolutionary history of a set of taxa is usually represented by a phylogenetic tree, and this model has greatly facilitated the discussion and testing of hypotheses. However, it is well known that more complex evolut...
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Interactive Tree Of Life (iTOL) v5: an online tool for phylogenetic tree display and annotation
Artículo
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Ivica Letunić; Peer Bork · Nucleic Acids Research · 2021
The Interactive Tree Of Life (https://itol.embl.de) is an online tool for the display, manipulation and annotation of phylogenetic and other trees. It is freely available and open to everyone. iTOL version 5 introduces a...
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A new mixing of Hartree–Fock and local density-functional theories
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Axel D. Becke · The Journal of Chemical Physics · 1993
Previous attempts to combine Hartree–Fock theory with local density-functional theory have been unsuccessful in applications to molecular bonding. We derive a new coupling of these two theories that maintains their sim...
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Information Theory and Statistical Mechanics
Artículo
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E. T. Jaynes · Physical Review · 1957
Information theory provides a constructive criterion for setting up probability distributions on the basis of partial knowledge, and leads to a type of statistical inference which is called the maximum-entropy estimate. ...
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Balanced basis sets of split valence, triple zeta valence and quadruple zeta valence quality for H to Rn: Design and assessment of accuracy
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Florian Weigend; Reinhart Ahlrichs · Physical Chemistry Chemical Physics · 2005
Gaussian basis sets of quadruple zeta valence quality for Rb-Rn are presented, as well as bases of split valence and triple zeta valence quality for H-Rn. The latter were obtained by (partly) modifying bases developed pr...
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Material complementario
The M06 suite of density functionals for main group thermochemistry, thermochemical kinetics, noncovalent interactions, excited states, and transition elements: two new functionals and systematic testing of four M06-class functionals and 12 other functionals
Artículo
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Yan Zhao; Donald G. Truhlar · Theoretical Chemistry Accounts · 2007
We present two new hybrid meta exchange- correlation functionals, called M06 and M06-2X. The M06 functional is parametrized including both transition metals and nonmetals, whereas the M06-2X functional is a high-nonlocal...
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Density-functional thermochemistry. III. The role of exact exchange
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Axel D. Becke · The Journal of Chemical Physics · 1993
Despite the remarkable thermochemical accuracy of Kohn–Sham density-functional theories with gradient corrections for exchange-correlation [see, for example, A. D. Becke, J. Chem. Phys. 96, 2155 (1992)], we believe tha...
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Efficiency of ab-initio total energy calculations for metals and semiconductors using a plane-wave basis set
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Georg Kresse; J. Furthmüller · Computational Materials Science · 1996
Materias / palabras clave: Ab initio; Hamiltonian (control theory); Basis set; Plane wave; Statistical physics; Ab initio quantum chemistry methods; Density functional theory; Electronic structure; Phonon; Degrees of freedom (physics and chemistry...
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A new optimizer using particle swarm theory
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
R.C. Eberhart; James Kennedy · OpenAlex · 2002
The optimization of nonlinear functions using particle swarm methodology is described. Implementations of two paradigms are discussed and compared, including a recently developed locally oriented paradigm. Benchmark test...
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Fast unfolding of communities in large networks
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Vincent D. Blondel; Jean‐Loup Guillaume; Renaud Lambiotte; Etienne Lefebvre · Journal of Statistical Mechanics Theory and Experiment · 2008
We propose a simple method to extract the community structure of large networks. Our method is a heuristic method that is based on modularity optimization. It is shown to outperform all other known community detection me...
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Material complementario
ff14SB: Improving the Accuracy of Protein Side Chain and Backbone Parameters from ff99SB
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
James Maier; Carmenza Martinez; Koushik Kasavajhala; Lauren Wickstrom; Kevin Hauser; Carlos Simmerling · Journal of Chemical Theory and Computation · 2015
Molecular mechanics is powerful for its speed in atomistic simulations, but an accurate force field is required. The Amber ff99SB force field improved protein secondary structure balance and dynamics from earlier force f...
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Rethinking the Inception Architecture for Computer Vision
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Christian Szegedy; Vincent Vanhoucke; Sergey Ioffe; Jon Shlens; Zbigniew Wojna · OpenAlex · 2016
Convolutional networks are at the core of most state of-the-art computer vision solutions for a wide variety of tasks. Since 2014 very deep convolutional networks started to become mainstream, yielding substantial gains ...
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IQ-TREE 2: New Models and Efficient Methods for Phylogenetic Inference in the Genomic Era
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Bùi Quang Minh; Heiko A. Schmidt; Olga Chernomor; Dominik Schrempf; Michael D. Woodhams; Arndt von Haeseler; Robert Lanfear · Molecular Biology and Evolution · 2020
IQ-TREE (http://www.iqtree.org, last accessed February 6, 2020) is a user-friendly and widely used software package for phylogenetic inference using maximum likelihood. Since the release of version 1 in 2014, we have con...
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MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods
Artículo
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Koichiro Tamura; Daniel G. Peterson; Nora Peterson; Glen Stecher; M Nei; Sudhir Kumar · Molecular Biology and Evolution · 2011
Comparative analysis of molecular sequence data is essential for reconstructing the evolutionary histories of species and inferring the nature and extent of selective forces shaping the evolution of genes and species. He...
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The ORCA program system
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Frank Neese · Wiley Interdisciplinary Reviews Computational Molecular Science · 2011
Abstract ORCA is a general‐purpose quantum chemistry program package that features virtually all modern electronic structure methods (density functional theory, many‐body perturbation and coupled cluster theories, an...
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Scalable molecular dynamics with NAMD
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
J. C. Phillips; Rosemary Braun; Wei Wang; James C. Gumbart; Emad Tajkhorshid; Elizabeth Villa; Christophe Chipot; Robert D. Skeel · Journal of Computational Chemistry · 2005
NAMD is a parallel molecular dynamics code designed for high-performance simulation of large biomolecular systems. NAMD scales to hundreds of processors on high-end parallel platforms, as well as tens of processors on lo...
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Chemistry with ADF
Artículo
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G. te Velde; F. Matthias Bickelhaupt; Evert Jan Baerends; Célia Fonseca Guerra; S. J. A. van Gisbergen; J. G. Snijders; Tom Ziegler · Journal of Computational Chemistry · 2001
Abstract We present the theoretical and technical foundations of the Amsterdam Density Functional (ADF) program with a survey of the characteristics of the code (numerical integration, density fitting for the Coulomb pot...
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First-principles simulation: ideas, illustrations and the CASTEP code
Artículo
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Matthew Segall; Philip J. D. Lindan; Matt Probert; Chris J. Pickard; P. J. Hasnip; Stewart J. Clark; M. C. Payne · Journal of Physics Condensed Matter · 2002
First-principles simulation, meaning density-functional theory calculations with plane waves and pseudopotentials, has become a prized technique in condensed-matter theory. Here I look at the basics of the suject, give a...
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First principles methods using CASTEP
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Stewart J. Clark; Matthew Segall; Chris J. Pickard; P. J. Hasnip; Matt Probert; Keith Refson; M. C. Payne · Zeitschrift für Kristallographie - Crystalline Materials · 2005
Abstract The CASTEP code for first principles electronic structure calculations will be described. A brief, non-technical overview will be given and some of the features and capabilities highlighted. Some features which ...
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An all-electron numerical method for solving the local density functional for polyatomic molecules
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
B. Delley · The Journal of Chemical Physics · 1990
A method for accurate and efficient local density functional calculations (LDF) on molecules is described and presented with results. The method, Dmol for short, uses fast convergent three-dimensional numerical integrati...
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