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Digital Humanities: Visions and Applications
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Digital Humanities: Visions and Applications
Bisset Alvarez, Edgar · Pro-Metrics · 2023 · ISBN 9789916990612
Digital technologies have revolutionized studying, analyzing, and interpreting human culture, history, and society. Digital humanities (DH) combine traditional disciplines such as literature, history, and philosophy with...
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Automatic text summarization with maximal frequent sequences
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Automatic text summarization with maximal frequent sequences
Nikolaevna Ledeneva, Yulia; García Hernández, René · Ediciones y Gráficos Eón · 2013 · ISBN 9781512970944
At any time humans need accurate information to solve different problems. For example, how to perform a task, what happens in the news, what the hundreds of tweets say, etc. On the other hand, electronic information has ...
Idioma Inglés
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Computación de altas prestaciones para la resolución de sistemas dispersos de grandes dimensiones: tomografía óptica difraccional como caso de estudio
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Computación de altas prestaciones para la resolución de sistemas dispersos de grandes dimensiones: tomografía óptica difraccional como caso de estudio
Garzón Gracía, Martín; Ortega López, Gloria; García Fernández, Inmaculada · Editorial Universidad de Almería · 2014 · ISBN 9788416027583
This thesis, entitled €High Performance Computing for solving large sparse systems. Optical Diffraction Tomography as a case of study€ investigates the computational issues related to the resolution of linear systems o...
Idioma Español
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The Perseus computational platform for comprehensive analysis of (prote)omics data
Artikel
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The Perseus computational platform for comprehensive analysis of (prote)omics data
Stefka Tyanova; Tikira Temu; Pavel Sinitcyn; Arthur Carlson; Marco Y. Hein; Tamar Geiger; Matthias Mann; Jürgen Cox · Nature Methods · 2016
Fachgebiete / Stichwörter: Computer science; Plug-in; Workflow; Software; Usability; Proteomics; Python (programming language); Data science; Data mining; Human–computer interaction; Programming language; Biology
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A method and server for predicting damaging missense mutations
Text / Ressource
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A method and server for predicting damaging missense mutations
Ivan Adzhubei; Steffen Schmidt; Leonid Peshkin; Vasily Ramensky; Анна Герасимова; Peer Bork; Alexey S. Kondrashov; Shamil Sunyaev · Nature Methods · 2010
Fachgebiete / Stichwörter: Missense mutation; Computational biology; Biology; Genetics; Human genome; Allele; Mutation; Coding region; Sequence alignment; Protein sequencing; Sequence (biology); OMIM : Online Mendelian Inheritance in Man
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CHARMM36m: an improved force field for folded and intrinsically disordered proteins
Artikel
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CHARMM36m: an improved force field for folded and intrinsically disordered proteins
Jing Huang; Sarah Rauscher; Grzegorz Nawrocki; Ting Ran; Michael Feig; Bert L. de Groot; Helmut Grubmüller; Alexander D. MacKerell · Nature Methods · 2016
Fachgebiete / Stichwörter: Intrinsically disordered proteins; Force field (fiction); Molecular dynamics; Chemistry; Biophysics; Computational biology; Computer science; Biology; Computational chemistry; Artificial intelligence
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ColabFold: making protein folding accessible to all
Artikel
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ColabFold: making protein folding accessible to all
Milot Mirdita; Konstantin Schütze; Yoshitaka Moriwaki; Lim Heo; Sergey Ovchinnikov; Martin Steinegger · Nature Methods · 2022
ColabFold offers accelerated prediction of protein structures and complexes by combining the fast homology search of MMseqs2 with AlphaFold2 or RoseTTAFold. ColabFold's 40-60-fold faster search and optimized model utiliz...
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DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data
Artikel
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DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data
Benjamin J. Callahan; Paul J. McMurdie; Michael Rosen; Andrew Han; Amy Jo A Johnson; Susan Holmes · Nature Methods · 2016
Fachgebiete / Stichwörter: Amplicon; Computational biology; Biology; Sample (material); Computer science; Genetics; Polymerase chain reaction; Gene; Chromatography; Chemistry
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Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases
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Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases
Daniel G. Gibson; Lei Young; Ray-Yuan Chuang; J. Craig Venter; Clyde A. Hutchison; Hamilton O. Smith · Nature Methods · 2009
Fachgebiete / Stichwörter: DNA ligase; DNA; Exonuclease; DNA polymerase; DNA clamp; Ligase chain reaction; Biology; In vitro recombination; Computational biology; Gene; Chemistry; Genetics
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Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND
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Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND
Benjamin Buchfink; Chao Xie; Daniel H. Huson · Nature Methods · 2014
Fachgebiete / Stichwörter: Bottleneck; Metagenomics; Computer science; Diamond; Sensitivity (control systems); Software; Search engine indexing; Speedup; Computational biology; Data mining; Bioinformatics; Parallel computing
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Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony
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Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony
Ilya Korsunsky; Nghia Millard; Jean Fan; Kamil Slowikowski; Fan Zhang; Kevin Wei; Yuriy Baglaenko; Michael B. Brenner · Nature Methods · 2019
Fachgebiete / Stichwörter: Data integration; Computer science; Computational biology; Biology; Data mining
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HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements
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HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements
Daehwan Kim; Ben Langmead; Steven L. Salzberg · Nature Methods · 2015
Fachgebiete / Stichwörter: Search engine indexing; Computer science; Genome; Index (typography); Computational biology; Reference genome; Alignment-free sequence analysis; Sequence alignment; Data mining; Biology; Genetics; Artificial intelligence
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Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq
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Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq
A Mortazavi; Brian A. Williams; Kenneth McCue; Lorian Schaeffer; B Wold · Nature Methods · 2008
Fachgebiete / Stichwörter: Exon; splice; Biology; Gene; RNA; Transcriptome; RNA-Seq; Genetics; Gene expression; Alternative splicing; RNA splicing; Computational biology
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ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates
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ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates
Subha Kalyaanamoorthy; Bùi Quang Minh; Thomas K. F. Wong; Arndt von Haeseler; Lars S. Jermiin · Nature Methods · 2017
Fachgebiete / Stichwörter: Phylogenetic tree; Selection (genetic algorithm); Computational biology; Evolutionary biology; Model selection; Biology; Phylogenetics; Computer science; Genetics; Artificial intelligence; Gene
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QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data
Text / Ressource
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QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data
J. Gregory Caporaso; Justin Kuczynski; Jesse Stombaugh; Kyle Bittinger; Frederic D. Bushman; Elizabeth K. Costello; Noah Fierer; Antonio González Peña · Nature Methods · 2010
Fachgebiete / Stichwörter: Throughput; DNA sequencing; Computational biology; Computer science; Biology; Genetics; DNA; Telecommunications; Wireless
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Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles
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Robust enumeration of cell subsets from tissue expression profiles
Aaron M. Newman; Chih Long Liu; Michael R. Green; Andrew J. Gentles; Weiguo Feng; Yue Xu; Chuong D. Hoang; Maximilian Diehn · Nature Methods · 2015
Fachgebiete / Stichwörter: Enumeration; Biology; Haematopoiesis; RNA; Gene; Computational biology; Hematopoietic cell; Cell; Gene expression; Molecular biology; Messenger RNA; Cell biology
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SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering
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SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering
Sara Aibar; Carmen Bravo González‐Blas; Thomas Moerman; Vân Anh Huynh‐Thu; Hana Imrichová; Gert Hulselmans; Florian Rambow; Jean‐Christophe Marine · Nature Methods · 2017
Fachgebiete / Stichwörter: Cluster analysis; Inference; Computational biology; Computer science; Gene regulatory network; Artificial intelligence; Biology; Genetics; Gene; Gene expression
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Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression
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Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression
Rob Patro; Geet Duggal; Michael I. Love; Rafael A. Irizarry; Carl Kingsford · Nature Methods · 2017
Fachgebiete / Stichwörter: Inference; Transcriptome; Abundance (ecology); Expression (computer science); Computer science; Computational biology; Biology; Feature (linguistics); Gene expression; Gene; Artificial intelligence; Genetics
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SciPy 1.0: fundamental algorithms for scientific computing in Python
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SciPy 1.0: fundamental algorithms for scientific computing in Python
Pauli Virtanen; Ralf Gommers; Travis E. Oliphant; Matt Haberland; Tyler Reddy; David Cournapeau; Evgeni Burovski; Pearu Peterson · Nature Methods · 2020
SciPy is an open-source scientific computing library for the Python programming language. Since its initial release in 2001, SciPy has become a de facto standard for leveraging scientific algorithms in Python, with over ...
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SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions
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SignalP 4.0: discriminating signal peptides from transmembrane regions
Thomas Nordahl Petersen; Søren Brunak; Gunnar von Heijne; Henrik Nielsen · Nature Methods · 2011
Fachgebiete / Stichwörter: Transmembrane protein; Signal peptide; Computational biology; Protein Sorting Signals; SIGNAL (programming language); Cell biology; Chemistry; Biology; Biophysics; Computer science; Biochemistry; Peptide sequence
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The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction
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The I-TASSER Suite: protein structure and function prediction
Jianyi Yang; Renxiang Yan; Ambrish Roy; Dong Xu; Jonathan Poisson; Yang Zhang · Nature Methods · 2014
Fachgebiete / Stichwörter: Computational biology; Suite; Protein structure prediction; Protein structure; Protein function; Computer science; Function (biology); Biology; Genetics; Biochemistry; Gene; Archaeology
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Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position
Artikel
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Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position
Jason D. Buenrostro; Paul G. Giresi; Lisa C. Zaba; Howard Y. Chang; William J. Greenleaf · Nature Methods · 2013
Fachgebiete / Stichwörter: Chromatin; Epigenomics; Nucleosome; Transposase; Epigenome; Biology; ChIP-sequencing; Computational biology; Genetics; DNA; DNA sequencing; DNA methylation
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UPARSE: highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads
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UPARSE: highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads
R. C. Edgar · Nature Methods · 2013
Fachgebiete / Stichwörter: Operational taxonomic unit; Amplicon; Biology; Computational biology; Amplicon sequencing; Pipeline (software); Genetics; Gene; Computer science; Polymerase chain reaction; 16S ribosomal RNA; Programming language
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jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing
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jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing
Diego Darriba; Guillermo L. Taboada; Ramón Doallo; David Posada · Nature Methods · 2012
Fachgebiete / Stichwörter: Heuristics; Computer science; Parallel computing; Computational biology; Theoretical computer science; Biology; Operating system
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