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Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function
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Automated docking using a Lamarckian genetic algorithm and an empirical binding free energy function
Garrett M. Morris; David S. Goodsell; Robert S. Halliday; Ruth Huey; William E. Hart; Richard K. Belew; Arthur J. Olson · Journal of Computational Chemistry · 1998
A novel and robust automated docking method that predicts the bound conformations of flexible ligands to macromolecular targets has been developed and tested, in combination with a new scoring function that estimates the...
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LINCS: A linear constraint solver for molecular simulations
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LINCS: A linear constraint solver for molecular simulations
Berk Hess; Henk Bekker; Herman J. C. Berendsen; J. G. E. M. Fraaije · Journal of Computational Chemistry · 1997
In this article, we present a new LINear Constraint Solver (LINCS) for molecular simulations with bond constraints. The algorithm is inherently stable, as the constraints themselves are reset instead of derivatives of th...
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