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The Amber biomolecular simulation programs
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The Amber biomolecular simulation programs
David A. Case; Thomas E. Cheatham; Tom Darden; Holger Gohlke; Ray Luo; Kenneth M. Merz; Alexey V. Onufriev; Carlos Simmerling · Journal of Computational Chemistry · 2005
We describe the development, current features, and some directions for future development of the Amber package of computer programs. This package evolved from a program that was constructed in the late 1970s to do Assist...
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Settle: An analytical version of the SHAKE and RATTLE algorithm for rigid water models
Artículo
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Settle: An analytical version of the SHAKE and RATTLE algorithm for rigid water models
Shuichi Miyamoto; Peter A. Kollman · Journal of Computational Chemistry · 1992
Abstract An analytical algorithm, called SETTLE, for resetting the positions and velocities to satisfy the holonomic constraints on the rigid water model is presented. This method is still based on the Cartesian coordina...
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