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Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences
Artículo
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Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences
Heng Li · Bioinformatics · 2018
Motivation: Recent advances in sequencing technologies promise ultra-long reads of ∼100 kb in average, full-length mRNA or cDNA reads in high throughput and genomic contigs over 100 Mb in length. Existing alignment pro...
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STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
Artículo
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STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
Alexander Dobin; Carrie Davis; Felix Schlesinger; Jörg Drenkow; Chris Zaleski; Sonali Jha; Philippe Batut; Mark Chaisson · Bioinformatics · 2012
MOTIVATION: Accurate alignment of high-throughput RNA-seq data is a challenging and yet unsolved problem because of the non-contiguous transcript structure, relatively short read lengths and constantly increasing through...
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TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions
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TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions
Daehwan Kim; Geo Pertea; Cole Trapnell; Harold Pimentel; Ryan Kelley; Steven L. Salzberg · Genome biology · 2013
TopHat is a popular spliced aligner for RNA-sequence (RNA-seq) experiments. In this paper, we describe TopHat2, which incorporates many significant enhancements to TopHat. TopHat2 can align reads of various lengths produ...
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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data
Artículo
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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data
Mark D. Robinson; Davis J. McCarthy; Gordon K. Smyth · Bioinformatics · 2009
SUMMARY: It is expected that emerging digital gene expression (DGE) technologies will overtake microarray technologies in the near future for many functional genomics applications. One of the fundamental data analysis ta...
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