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33 resultados encontrados.

Tipos de recurso: Libro electrónico Artículo Revista Tesis Capítulo
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Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees
Artículo
Página del recurso disponible Artículo OpenAlex
Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees
Mark A. Miller; Wayne Pfeiffer; Terri Schwartz · OpenAlex · 2010
Understanding the evolutionary history of living organisms is a central problem in biology. Until recently the ability to infer evolutionary relationships was limited by the amount of DNA sequence data available, but new...
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FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies
Artículo
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FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies
Tanja Magoč; Steven L. Salzberg · Bioinformatics · 2011
MOTIVATION: Next-generation sequencing technologies generate very large numbers of short reads. Even with very deep genome coverage, short read lengths cause problems in de novo assemblies. The use of paired-end librarie...
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MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization
Artículo
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MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization
Kazutaka Katoh; John Rozewicki; Kazunori Yamada · Briefings in Bioinformatics · 2017
This article describes several features in the MAFFT online service for multiple sequence alignment (MSA). As a result of recent advances in sequencing technologies, huge numbers of biological sequences are available and...
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Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences
Artículo
Material complementario disponible Artículo OpenAlex
Minimap2: pairwise alignment for nucleotide sequences
Heng Li · Bioinformatics · 2018
Motivation: Recent advances in sequencing technologies promise ultra-long reads of ∼100 kb in average, full-length mRNA or cDNA reads in high throughput and genomic contigs over 100 Mb in length. Existing alignment pro...
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STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
Artículo
Texto completo disponible Artículo OpenAlex
STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
Alexander Dobin; Carrie Davis; Felix Schlesinger; Jörg Drenkow; Chris Zaleski; Sonali Jha; Philippe Batut; Mark Chaisson · Bioinformatics · 2012
MOTIVATION: Accurate alignment of high-throughput RNA-seq data is a challenging and yet unsolved problem because of the non-contiguous transcript structure, relatively short read lengths and constantly increasing through...
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TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions
Artículo
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TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions
Daehwan Kim; Geo Pertea; Cole Trapnell; Harold Pimentel; Ryan Kelley; Steven L. Salzberg · Genome biology · 2013
TopHat is a popular spliced aligner for RNA-sequence (RNA-seq) experiments. In this paper, we describe TopHat2, which incorporates many significant enhancements to TopHat. TopHat2 can align reads of various lengths produ...
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Actividad antilisteria de bacterias ácido lácticas aisladas de peces marinos
Artículo
Acceso abierto Artículo SEDICI UNLP
Actividad antilisteria de bacterias ácido lácticas aisladas de peces marinos
Vallejo, M. et al · SEDICI UNLP · 2009
Con el propósito de caracterizar el efecto inhibitorio contra Listeria monocytogenes, se estudiaron 53 cepas de bacterias ácido lácticas (BAL) aisladas de peces marinos. Sobre la base de la actividad antilisteria se s...
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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data
Artículo
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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data
Mark D. Robinson; Davis J. McCarthy; Gordon K. Smyth · Bioinformatics · 2009
SUMMARY: It is expected that emerging digital gene expression (DGE) technologies will overtake microarray technologies in the near future for many functional genomics applications. One of the fundamental data analysis ta...
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Cell Reports: Methods
Artículo
Acceso abierto Artículo DOAJ
Cell Reports: Methods
Elsevier; United States · ISSN 2667-2375
Materias / palabras clave: sequencing technologies, genome editing and genome engineering, imaging technologies, single-molecule methods, computational methods, machine learning; Technology: Chemical technology: Biotechnology; Science: Chemistry: ...
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