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MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct <i>de Bruijn</i> graph
Artículo
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MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct <i>de Bruijn</i> graph
Dinghua Li; Chi-Man Liu; Ruibang Luo; Kunihiko Sadakane; Tak‐Wah Lam · Bioinformatics · 2015
Abstract Summary: MEGAHIT is a NGS de novo assembler for assembling large and complex metagenomics data in a time- and cost-efficient manner. It finished assembling a soil metagenomics dataset with 252 Gbps in 44.1 and 9...
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BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs
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BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs
Felipe A. Simão; Robert M. Waterhouse; Panagiotis Ioannidis; Evgenia V. Kriventseva; Evgeny M. Zdobnov · Bioinformatics · 2015
MOTIVATION: Genomics has revolutionized biological research, but quality assessment of the resulting assembled sequences is complicated and remains mostly limited to technical measures like N50. RESULTS: We propose a mea...
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FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies
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FLASH: fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies
Tanja Magoč; Steven L. Salzberg · Bioinformatics · 2011
MOTIVATION: Next-generation sequencing technologies generate very large numbers of short reads. Even with very deep genome coverage, short read lengths cause problems in de novo assemblies. The use of paired-end librarie...
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Prokka: rapid prokaryotic genome annotation
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Prokka: rapid prokaryotic genome annotation
Torsten Seemann · Bioinformatics · 2014
UNLABELLED: The multiplex capability and high yield of current day DNA-sequencing instruments has made bacterial whole genome sequencing a routine affair. The subsequent de novo assembly of reads into contigs has been we...
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QUAST: quality assessment tool for genome assemblies
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QUAST: quality assessment tool for genome assemblies
Alexey Gurevich; Vladislav Saveliev; Nikolay Vyahhi; Glenn Tesler · Bioinformatics · 2013
SUMMARY: Limitations of genome sequencing techniques have led to dozens of assembly algorithms, none of which is perfect. A number of methods for comparing assemblers have been developed, but none is yet a recognized ben...
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