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A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data
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A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data
Mark D. Robinson; Alicia Oshlack · Genome biology · 2010
The fine detail provided by sequencing-based transcriptome surveys suggests that RNA-seq is likely to become the platform of choice for interrogating steady state RNA. In order to discover biologically important changes ...
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Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)
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Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)
Yong Zhang; Tao Liu; Clifford A. Meyer; Jérôme Eeckhoute; David S. Johnson; B Bernstein; Chad Nusbaum; R Myers · Genome biology · 2008
We present Model-based Analysis of ChIP-Seq data, MACS, which analyzes data generated by short read sequencers such as Solexa's Genome Analyzer. MACS empirically models the shift size of ChIP-Seq tags, and uses it to imp...
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