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Differential expression analysis for sequence count data
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Differential expression analysis for sequence count data
Simon Anders; Wolfgang Huber · Genome biology · 2010
High-throughput sequencing assays such as RNA-Seq, ChIP-Seq or barcode counting provide quantitative readouts in the form of count data. To infer differential signal in such data correctly and with good statistical power...
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Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)
Artículo
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Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS)
Yong Zhang; Tao Liu; Clifford A. Meyer; Jérôme Eeckhoute; David S. Johnson; B Bernstein; Chad Nusbaum; R Myers · Genome biology · 2008
We present Model-based Analysis of ChIP-Seq data, MACS, which analyzes data generated by short read sequencers such as Solexa's Genome Analyzer. MACS empirically models the shift size of ChIP-Seq tags, and uses it to imp...
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