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PTRAJ and CPPTRAJ: Software for Processing and Analysis of Molecular Dynamics Trajectory Data
Artículo
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PTRAJ and CPPTRAJ: Software for Processing and Analysis of Molecular Dynamics Trajectory Data
Daniel R. Roe; Thomas E. Cheatham · Journal of Chemical Theory and Computation · 2013
We describe PTRAJ and its successor CPPTRAJ, two complementary, portable, and freely available computer programs for the analysis and processing of time series of three-dimensional atomic positions (i.e., coordinate traj...
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GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation
Artículo
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GROMACS 4: Algorithms for Highly Efficient, Load-Balanced, and Scalable Molecular Simulation
Berk Hess; Carsten Kutzner; David van der Spoel; Erik Lindahl · Journal of Chemical Theory and Computation · 2008
Molecular simulation is an extremely useful, but computationally very expensive tool for studies of chemical and biomolecular systems. Here, we present a new implementation of our molecular simulation toolkit GROMACS whi...
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