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P<scp>ACKMOL</scp>: A package for building initial configurations for molecular dynamics simulations
Artículo
Texto completo disponible Artículo OpenAlex
P<scp>ACKMOL</scp>: A package for building initial configurations for molecular dynamics simulations
Leandro Martı́nez; Ricardo Andrade; Ernesto G. Birgin; J. M. Martı́nez · Journal of Computational Chemistry · 2009
Adequate initial configurations for molecular dynamics simulations consist of arrangements of molecules distributed in space in such a way to approximately represent the system's overall structure. In order that the simu...
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Settle: An analytical version of the SHAKE and RATTLE algorithm for rigid water models
Artículo
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Settle: An analytical version of the SHAKE and RATTLE algorithm for rigid water models
Shuichi Miyamoto; Peter A. Kollman · Journal of Computational Chemistry · 1992
Abstract An analytical algorithm, called SETTLE, for resetting the positions and velocities to satisfy the holonomic constraints on the rigid water model is presented. This method is still based on the Cartesian coordina...
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