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BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs
Artículo
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BUSCO: assessing genome assembly and annotation completeness with single-copy orthologs
Felipe A. Simão; Robert M. Waterhouse; Panagiotis Ioannidis; Evgenia V. Kriventseva; Evgeny M. Zdobnov · Bioinformatics · 2015
MOTIVATION: Genomics has revolutionized biological research, but quality assessment of the resulting assembled sequences is complicated and remains mostly limited to technical measures like N50. RESULTS: We propose a mea...
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MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct <i>de Bruijn</i> graph
Artículo
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MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct <i>de Bruijn</i> graph
Dinghua Li; Chi-Man Liu; Ruibang Luo; Kunihiko Sadakane; Tak‐Wah Lam · Bioinformatics · 2015
Abstract Summary: MEGAHIT is a NGS de novo assembler for assembling large and complex metagenomics data in a time- and cost-efficient manner. It finished assembling a soil metagenomics dataset with 252 Gbps in 44.1 and 9...
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