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4 resultados encontrados.

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Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data
Artículo
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Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data
Kosuke Yoshihara; Maria Shahmoradgoli; Emmanuel Martínez; Rahulsimham Vegesna; Hoon Kim; Wandaliz Torres‐García; Víctor Treviño; Hui Shen · Nature Communications · 2013
Infiltrating stromal and immune cells form the major fraction of normal cells in tumour tissue and not only perturb the tumour signal in molecular studies but also have an important role in cancer biology. Here we descri...
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Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system
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Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system
F. Ann Ran; Patrick D. Hsu; Jason Wright; Vineeta Agarwala; David Scott; Feng Zhang · Nature Protocols · 2013
Materias / palabras clave: CRISPR; Genome engineering; Cas9; Genome editing; Guide RNA; Biology; Computational biology; Nuclease; Genome; Homology directed repair; Synthetic biology; Non-homologous end joining
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Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences
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Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences
Morgan G. I. Langille; Jesse Zaneveld; J. Gregory Caporaso; Daniel McDonald; Dan Knights; Joshua A Reyes; José C. Clemente; Deron E. Burkepile · Nature Biotechnology · 2013
Materias / palabras clave: Metagenomics; Biology; Phylogenetic tree; 16S ribosomal RNA; Gene; Computational biology; Phylogenetics; Microbiome; Genetics; Ribosomal RNA; Genome; Evolutionary biology
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TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions
Artículo
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TopHat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions
Daehwan Kim; Geo Pertea; Cole Trapnell; Harold Pimentel; Ryan Kelley; Steven L. Salzberg · Genome biology · 2013
TopHat is a popular spliced aligner for RNA-sequence (RNA-seq) experiments. In this paper, we describe TopHat2, which incorporates many significant enhancements to TopHat. TopHat2 can align reads of various lengths produ...
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