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Development and testing of a general amber force field
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Development and testing of a general amber force field
Junmei Wang; Romain M. Wolf; James W. Caldwell; Peter A. Kollman; David A. Case · Journal of Computational Chemistry · 2004
We describe here a general Amber force field (GAFF) for organic molecules. GAFF is designed to be compatible with existing Amber force fields for proteins and nucleic acids, and has parameters for most organic and pharma...
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A new hybrid exchange–correlation functional using the Coulomb-attenuating method (CAM-B3LYP)
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A new hybrid exchange–correlation functional using the Coulomb-attenuating method (CAM-B3LYP)
Takeshi Yanai; David P. Tew; Nicholas C. Handy · Chemical Physics Letters · 2004
Materias / palabras clave: Hybrid functional; Range (aeronautics); Chemistry; Density functional theory; Computational chemistry; Function (biology); Coulomb; Thermodynamics; Physics; Materials science; Quantum mechanics; Composite material
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Glide: A New Approach for Rapid, Accurate Docking and Scoring. 1. Method and Assessment of Docking Accuracy
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Glide: A New Approach for Rapid, Accurate Docking and Scoring. 1. Method and Assessment of Docking Accuracy
Richard A. Friesner; Jay L. Banks; Robert B. Murphy; Thomas A. Halgren; Jasna Klicić; Daniel T. Mainz; Matthew P. Repasky; Eric H. Knoll · Journal of Medicinal Chemistry · 2004
Unlike other methods for docking ligands to the rigid 3D structure of a known protein receptor, Glide approximates a complete systematic search of the conformational, orientational, and positional space of the docked lig...
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UCSF Chimera—A visualization system for exploratory research and analysis
Artículo
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UCSF Chimera—A visualization system for exploratory research and analysis
Eric F. Pettersen; Thomas D. Goddard; Conrad C. Huang; Gregory S. Couch; Daniel M. Greenblatt; Elaine C. Meng; Thomas E. Ferrin · Journal of Computational Chemistry · 2004
The design, implementation, and capabilities of an extensible visualization system, UCSF Chimera, are discussed. Chimera is segmented into a core that provides basic services and visualization, and extensions that provid...
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