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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data
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<tt>edgeR</tt> : a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data
Mark D. Robinson; Davis J. McCarthy; Gordon K. Smyth · Bioinformatics · 2009
SUMMARY: It is expected that emerging digital gene expression (DGE) technologies will overtake microarray technologies in the near future for many functional genomics applications. One of the fundamental data analysis ta...
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DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data
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DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data
Pablo Librado; Julio Rozas · Bioinformatics · 2009
MOTIVATION: DnaSP is a software package for a comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Version 5 implements a number of new features and analytical methods allowing extensive DNA polymorphism analyses on large da...
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The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments
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The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments
Stephen A. Bustin; Vladimı́r Beneš; Jeremy A. Garson; Jan Hellemans; Jim F. Huggett; Mikael Kubista; Reinhold Mueller; Tania Nolan · Clinical Chemistry · 2009
BACKGROUND: Currently, a lack of consensus exists on how best to perform and interpret quantitative real-time PCR (qPCR) experiments. The problem is exacerbated by a lack of sufficient experimental detail in many publica...
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Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases
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Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases
Daniel G. Gibson; Lei Young; Ray-Yuan Chuang; J. Craig Venter; Clyde A. Hutchison; Hamilton O. Smith · Nature Methods · 2009
Materias / palabras clave: DNA ligase; DNA; Exonuclease; DNA polymerase; DNA clamp; Ligase chain reaction; Biology; In vitro recombination; Computational biology; Gene; Chemistry; Genetics
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A Fast Iterative Shrinkage-Thresholding Algorithm for Linear Inverse Problems
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A Fast Iterative Shrinkage-Thresholding Algorithm for Linear Inverse Problems
Amir Beck; Marc Teboulle · SIAM Journal on Imaging Sciences · 2009
We consider the class of iterative shrinkage-thresholding algorithms (ISTA) for solving linear inverse problems arising in signal/image processing. This class of methods, which can be viewed as an extension of the classi...
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