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CD-HIT: accelerated for clustering the next-generation sequencing data
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CD-HIT: accelerated for clustering the next-generation sequencing data
LiMin Fu; Beifang Niu; Zhengwei Zhu; Sitao Wu; Weizhong Li · Bioinformatics · 2012
SUMMARY: CD-HIT is a widely used program for clustering biological sequences to reduce sequence redundancy and improve the performance of other sequence analyses. In response to the rapid increase in the amount of sequen...
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MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and Model Choice Across a Large Model Space
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MrBayes 3.2: Efficient Bayesian Phylogenetic Inference and Model Choice Across a Large Model Space
Fredrik Ronquist; Maxim Teslenko; Paul van der Mark; Daniel L. Ayres; Aaron E. Darling; Sebastian Höhna; Bret Larget; Liang Liu · Systematic Biology · 2012
Since its introduction in 2001, MrBayes has grown in popularity as a software package for Bayesian phylogenetic inference using Markov chain Monte Carlo (MCMC) methods. With this note, we announce the release of version ...
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Fast gapped-read alignment with Bowtie 2
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Fast gapped-read alignment with Bowtie 2
Ben Langmead; Steven L. Salzberg · Nature Methods · 2012
Materias / palabras clave: Computer science; Flexibility (engineering); Dynamic programming; Software; Throughput; Index (typography); Sensitivity (control systems); Parallel computing; Algorithm; Computer hardware; Programming language; Operating...
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