Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB

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Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB

Todd Z. DeSantis; Philip Hugenholtz; N. Larsen; Mark Rojas; Eoin Brodie; Keith Keller; Thomas Huber; Daniel Dalevi · Applied and Environmental Microbiology · 2006

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Todd Z. DeSantis; Philip Hugenholtz; N. Larsen; Mark Rojas; Eoin Brodie; Keith Keller; Thomas Huber; Daniel Dalevi

Editorial

Applied and Environmental Microbiology

Año

2006

Idioma

en

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A 16S rRNA gene database (http://greengenes.lbl.gov) addresses limitations of public repositories by providing chimera screening, standard alignment, and taxonomic classification using multiple published taxonomies. It was found that there is incongruent taxonomic nomenclature among curators even at the phylum level. Putative chimeras were identified in 3% of environmental sequences and in 0.2% of records derived from isolates. Environmental sequences were classified into 100 phylum-level lineages in the Archaea and Bacteria.

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DeSantis, T. Z, Hugenholtz, P, Larsen, N, Rojas, M, Brodie, E, Keller, K, Huber, T, & Dalevi, D. (2006). Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB. https://doi.org/10.1128/aem.03006-05

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DeSantis, Todd Z, et al. "Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB." 2006. https://doi.org/10.1128/aem.03006-05.

Chicago

DeSantis, Todd Z, Philip Hugenholtz, N. Larsen, Mark Rojas, Eoin Brodie, Keith Keller, Thomas Huber, and Daniel Dalevi. 2006. "Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB.". https://doi.org/10.1128/aem.03006-05.

Harvard

DeSantis, T. Z. et al. 2006, Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB, Applied and Environmental Microbiology, available at: https://doi.org/10.1128/aem.03006-05 [Accessed 28 Jun. 2026].

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Título: Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB

Autor / colaboradores: Todd Z. DeSantis; Philip Hugenholtz; N. Larsen; Mark Rojas; Eoin Brodie; Keith Keller; Thomas Huber; Daniel Dalevi

Editorial: Applied and Environmental Microbiology

Año de publicación: 2006

Idioma: en

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