Detección de variantes de preocupación de SARS Cov-2 por técnicas moleculares “in house” en muestras respiratorias de Tucumán durante 2021-2022

La enfermedad por coronavirus causada por SARS CoV2, fue declarada por la OMS como pandemia en marzo de 2020. SARS-CoV-2 fue adquiriendo mutaciones que dieron lugar a variantes con características distintivas. Las variantes de preocupación (VOC) pueden evadir la respuesta a vacunas u otras intervenciones farmacéuticas, ser más transmisibles o causar enfermedades más graves. Son identificadas principalmente mediante la secuenciación de muestras clínicas, aunque surgieron kits comerciales, con elevado costo operativo. Objetivo: Optimizar técnicas de biología molecular in house, para monitorear DELTA, GAMMA y ÓMICRON de SARS CoV2 en el período setiembre de 2021 a agosto de 2022. Materiales y Métodos: Se seleccionaron 1263 muestras positivas para SARS CoV2 analizadas por PCR en tiempo real, de pacientes ambulatorios e internados de nuestra provincia. Dichas muestras fueron procesadas en el Lab. de Salud Pública (LSP)-SIPROSA, para la detección por PCR en tiempo real de las variantes DELTA, GAMMA y OMICRON, con protocolos optimizados en laboratorios de Fac. de Bioqca, Qca y Facia (FBQF). Además, se diseñaron primers para la detección de la variante ÓMICRON por secuenciación de Sanger que comenzó a circular a fines de 2021. Resultados: De las 1263 muestras respiratorias se detectó la variante DELTA en 464 muestras, GAMMA en 70 y OMICRON en 500 muestras. La optimización del protocolo de detección de OMICRON por secuenciación de Sanger fue confirmada en las primeras 5 muestras de esta variante en Tucumán. Conclusión: Por convenio de colaboración entre FBQF-UNT y el LSP se pudo implementar una RT-PCR tiempo real para detección de las 3 variantes de SARS CoV2, que resultaron una alternativa más rápida y económica que el uso de kit comerciales. La secuenciación de Sanger resultó una alternativa más económica a la sec de nueva generación. Ello representó un aporte científico concreto de los docentes-investigadores de FBQF al sistema de salud pública de Tucumán. Fil: Zamora, Ana María. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Bioquímica, Química y Farmacia; Argentina. Provincia de Tucuman. Ministerio de Salud. Sistema Provincial de Salud; Argentina Fil: Medina, Marcela Susana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Bioquímica, Química y Farmacia. Instituto de Microbiología; Argentina