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Bismark: a flexible aligner and methylation caller for Bisulfite-Seq applications

Felix Krueger; Simon Andrews · Bioinformatics · 2011

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Autore / responsabile
Felix Krueger; Simon Andrews
Editore
Bioinformatics
Anno
2011
Lingua
Inglés

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SUMMARY: A combination of bisulfite treatment of DNA and high-throughput sequencing (BS-Seq) can capture a snapshot of a cell's epigenomic state by revealing its genome-wide cytosine methylation at single base resolution. Bismark is a flexible tool for the time-efficient analysis of BS-Seq data which performs both read mapping and methylation calling in a single convenient step. Its output discriminates between cytosines in CpG, CHG and CHH context and enables bench scientists to visualize and interpret their methylation data soon after the sequencing run is completed. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: Bismark is released under the GNU GPLv3+ licence. The source code is freely available from www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/bismark/.

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Krueger, F. & Andrews, S. (2011). Bismark: a flexible aligner and methylation caller for Bisulfite-Seq applications. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr167

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Krueger, Felix, and Simon Andrews. "Bismark: a flexible aligner and methylation caller for Bisulfite-Seq applications." 2011. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr167.

Chicago

Krueger, Felix and Simon Andrews. 2011. "Bismark: a flexible aligner and methylation caller for Bisulfite-Seq applications.". https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr167.

Harvard

Krueger, F. and Andrews, S. 2011, Bismark: a flexible aligner and methylation caller for Bisulfite-Seq applications, Bioinformatics, available at: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr167 [Accessed 8 Aug. 2026].

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Titolo
Bismark: a flexible aligner and methylation caller for Bisulfite-Seq applications
Autore / collaboratori
Felix Krueger; Simon Andrews
Editore
Bioinformatics
Anno di pubblicazione
2011
Lingua
Inglés

Soggetti

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DNA methylation; Bisulfite sequencing; Computer science; Snapshot (computer storage); Computational biology; Methylation; CpG site; Context (archaeology); Biology; Genetics; DNA; Database
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