GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database

Pierre-Alain Chaumeil; Aaron J. Mussig; Philip Hugenholtz; Donovan H. Parks · Bioinformatics · 2019

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Autore / responsabile

Pierre-Alain Chaumeil; Aaron J. Mussig; Philip Hugenholtz; Donovan H. Parks

Editore

Bioinformatics

Anno

2019

Lingua

Inglés

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SUMMARY: The GTDB Toolkit (GTDB-Tk) provides objective taxonomic assignments for bacterial and archaeal genomes based on the Genome Taxonomy Database (GTDB). GTDB-Tk is computationally efficient and able to classify thousands of draft genomes in parallel. Here we demonstrate the accuracy of the GTDB-Tk taxonomic assignments by evaluating its performance on a phylogenetically diverse set of 10,156 bacterial and archaeal metagenome-assembled genomes. AVAILABILITY: GTDB-Tk is implemented in Python and licensed under the GNU General Public License v3.0. Source code and documentation are available at: https://github.com/ecogenomics/gtdbtk. SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

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APA 7

Chaumeil, P. A, Mussig, A. J, Hugenholtz, P, & Parks, D. H. (2019). GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz848

MLA

Chaumeil, Pierre-Alain, et al. "GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database." 2019. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz848.

Chicago

Chaumeil, Pierre-Alain, Aaron J. Mussig, Philip Hugenholtz, and Donovan H. Parks. 2019. "GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database.". https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz848.

Harvard

Chaumeil, P. A. et al. 2019, GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database, Bioinformatics, available at: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz848 [Accessed 10 Aug. 2026].

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Titolo: GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database

Autore / collaboratori: Pierre-Alain Chaumeil; Aaron J. Mussig; Philip Hugenholtz; Donovan H. Parks

Editore: Bioinformatics

Anno di pubblicazione: 2019

Lingua: Inglés

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