Diseño integral de un test basado en secuenciación dirigida para guiar el manejo terapéutico del cáncer colorrectal

"El advenimiento de la secuenciación masiva (NGS) ha hecho posible interrogar el genoma en búsqueda de variantes que afecten el desarrollo y el tratamiento del cáncer. El cáncer es una enfermedad que se origina en la acumulación de mutaciones en células, de las cuales algunas son responsables del cambio fenotípico que permite al tumor crecer desmedidamente. En este proyecto nos propusimos diseñar un panel de secuenciación dirigido para detectar mutaciones que son fundamentales para establecer la conducta terapéutica más adecuada en cáncer colorrectal. Para ello integramos en un mismo test las mutaciones de tipo SNP o indels que son más informativas para clasificar al paciente en función de su probable evolución (mutaciones clasificatorias); las mutaciones de ADN de tipo SNP o indels más informativas para determinar qué fármacos serían los de elección para una terapia dirigida en cáncer colorrectal; y los polimorfismos de DPYD de línea germinal que afectan el metabolismo del 5-FU, principal quimioterápico utilizado en cáncer colorrectal. Se analizan todos los pasos requeridos para un servicio de estas características, desde la mejor combinación de marcadores genómicos buscados, hasta su análisis e interpretación así como también un estudio preliminar de costo-efectividad para verificar su factibilidad económica a priori. Desarrollar esta herramienta como una aplicación que se ejecuta desde la línea de comando permite integrarla a otros software que ejecuten este proceso, dándole versatilidad en la integración con otros dispositivos." "Since the advent of Next Generation Sequencing (NGS), the analysis of the genome in search of variants affecting the development and treatment of cancer has been possible. Cancer is a pathology originated by the accumulation of mutations in the cell, some of which are responsible for the phenotypic change that enables the tumor to grow inordinately. In this project, we aimed to design a targeted sequencing panel in order to detect mutations that may help selecting the best treatment available for colorectal cancer. To that end, we integrated into one panel the mutations (SNPs or indels) that classify the patients regarding its most likely evolution (classifying mutations); the DNA most informative mutations (SNPs or indels) to determine which drug is more suitable for a targeted therapy in colorectal cancer; and the DPYD germline polymorphisms affecting the metabolism of 5-FU, the main chemotherapy drug used in colorectal cancer. All steps required for a service of this characteristics are addressed, from the best combination of genomic markers to its analysis and interpretation, as well as a preliminary cost-effectiveness study to verify its economic feasibility." Proyecto final Bioingeniería (grado) - Instituto Tecnológico de Buenos Aires, Buenos Aires, 2017