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3D cross-hole resistivity inversion imaging of surrounding rock based on distance weighting constraint algorithm

ISSN: 10004548 · Editor / fuente: Editorial Office of Chinese Journal of Geotechnical Engineering

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Actualidad internacional del tratamiento magnético para el control de incrustaciones. Revisión

ISSN: 00418420 · Editor / fuente: Editorial Universitaria,

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"El espectador" de Colombia : agonía de un periódico

ISSN: 13901079 · Editor / fuente: Centro Internacional de Estudios Superiores de Comunicación para América Latina (CIESPAL)

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A classification model based on G protein-coupled estrogen receptor binding affinity: development and validation

ISSN: 10048456 · Editor / fuente: The Editorial Office of Chinese Journal of Food Hygiene

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Publicación seriada

100-lecie obecności kobiet w szeregach polskiej policji

ISSN: 20801335 · Editor / fuente: The Internal Security Agency

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Abordaje combinado cervical y torácico para casos selectos de bocio retroesternal

ISSN: 1018130X · Editor / fuente: Universidad Peruana Cayetano Heredia

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RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9
Artículo
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RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9
Prashant Mali; Luhan Yang; Kevin M. Esvelt; John Aach; Marc Güell; James E. DiCarlo; Julie E. Norville; George M. Church · Science · 2013
Bacteria and archaea have evolved adaptive immune defenses, termed clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) systems, that use short RNA to direct degradation of foreign n...
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RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics
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RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics
Zhong Wang; Mark Gerstein; M Snyder · Nature Reviews Genetics · 2008
Materias / palabras clave: RNA-Seq; Biology; Transcriptome; Computational biology; RNA; DNA sequencing; Deep sequencing; De novo transcriptome assembly; Genetics; Gene; Genome; Gene expression
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A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity
Artículo
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A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity
Martin Jínek; Krzysztof Chylinski; Ines Fonfara; M. Hauer; Jennifer A. Doudna; Emmanuelle Charpentier · Science · 2012
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) systems provide bacteria and archaea with adaptive immunity against viruses and plasmids by using CRISPR RNAs (crRNAs) to guide t...
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A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data
Artículo
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A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data
Mark D. Robinson; Alicia Oshlack · Genome biology · 2010
The fine detail provided by sequencing-based transcriptome surveys suggests that RNA-seq is likely to become the platform of choice for interrogating steady state RNA. In order to discover biologically important changes ...
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Accurate transcription initiation by RNA polymerase II in a soluble extract from isolated mammalian nuclei
Artículo
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Accurate transcription initiation by RNA polymerase II in a soluble extract from isolated mammalian nuclei
John David Dignam; Russell M. Lebovitz; R G Roeder · Nucleic Acids Research · 1983
We have developed a procedure for preparing extracts from nuclei of human tissue culture cells that directs accurate transcription initiation in vitro from class II promoters. Conditions of extraction and assay have been...
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Evaluation of general 16S ribosomal RNA gene PCR primers for classical and next-generation sequencing-based diversity studies
Artículo
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Evaluation of general 16S ribosomal RNA gene PCR primers for classical and next-generation sequencing-based diversity studies
Anna Klindworth; Elmar Pruesse; Timmy Schweer; Jörg Peplies; Christian Quast; Matthias Horn; Frank Oliver Glöckner · Nucleic Acids Research · 2012
16S ribosomal RNA gene (rDNA) amplicon analysis remains the standard approach for the cultivation-independent investigation of microbial diversity. The accuracy of these analyses depends strongly on the choice of primers...
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Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2
Artículo
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Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2
Michael I. Love; Wolfgang Huber; Simon Anders · Genome biology · 2014
In comparative high-throughput sequencing assays, a fundamental task is the analysis of count data, such as read counts per gene in RNA-seq, for evidence of systematic changes across experimental conditions. Small replic...
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RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome
Artículo
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RSEM: accurate transcript quantification from RNA-Seq data with or without a reference genome
Bo Li; Colin N. Dewey · BMC Bioinformatics · 2011
BACKGROUND: RNA-Seq is revolutionizing the way transcript abundances are measured. A key challenge in transcript quantification from RNA-Seq data is the handling of reads that map to multiple genes or isoforms. This issu...
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STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
Artículo
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STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
Alexander Dobin; Carrie Davis; Felix Schlesinger; Jörg Drenkow; Chris Zaleski; Sonali Jha; Philippe Batut; Mark Chaisson · Bioinformatics · 2012
MOTIVATION: Accurate alignment of high-throughput RNA-seq data is a challenging and yet unsolved problem because of the non-contiguous transcript structure, relatively short read lengths and constantly increasing through...
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Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment: RNA Ligands to Bacteriophage T4 DNA Polymerase
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Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment: RNA Ligands to Bacteriophage T4 DNA Polymerase
Craig Tuerk; Larry Gold · Science · 1990
High-affinity nucleic acid ligands for a protein were isolated by a procedure that depends on alternate cycles of ligand selection from pools of variant sequences and amplification of the bound species. Multiple rounds e...
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The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14
Artículo
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The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14
Rosalind C. Lee; Rhonda Feinbaum; Victor Ambros · Cell · 1993
lin-4 is essential for the normal temporal control of diverse postembryonic developmental events in C. elegans. lin-4 acts by negatively regulating the level of LIN-14 protein, creating a temporal decrease in LIN-14 prot...
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The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools
Artículo
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The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools
Christian Quast; Elmar Pruesse; Pelin Yilmaz; Jan Gerken; Timmy Schweer; Pablo Yarza; Jörg Peplies; Frank Oliver Glöckner · Nucleic Acids Research · 2012
SILVA (from Latin silva, forest, http://www.arb-silva.de) is a comprehensive web resource for up to date, quality-controlled databases of aligned ribosomal RNA (rRNA) gene sequences from the Bacteria, Archaea and Eukaryo...
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TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq
Artículo
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TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq
Cole Trapnell; Lior Pachter; Steven L. Salzberg · Bioinformatics · 2009
MOTIVATION: A new protocol for sequencing the messenger RNA in a cell, known as RNA-Seq, generates millions of short sequence fragments in a single run. These fragments, or 'reads', can be used to measure levels of gene ...
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tRNAscan-SE: A Program for Improved Detection of Transfer RNA Genes in Genomic Sequence
Artículo
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tRNAscan-SE: A Program for Improved Detection of Transfer RNA Genes in Genomic Sequence
Todd M. Lowe; Sean R. Eddy · Nucleic Acids Research · 1997
We describe a program, tRNAscan-SE, which identifies 99-100% of transfer RNA genes in DNA sequence while giving less than one false positive per 15 gigabases. Two previously described tRNA detection programs are used as ...
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De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis
Artículo
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De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis
Brian J. Haas; Alexie Papanicolaou; Moran Yassour; Manfred Grabherr; Philip D. Blood; Joshua C. Bowden; Matthew Brian Couger; David Eccles · Nature Protocols · 2013
Materias / palabras clave: Computational biology; Bioconductor; RNA-Seq; Sequence assembly; Workflow; Transcriptome; Biology; De novo transcriptome assembly; Genome; Reference genome; Computer science; Sequence analysis
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Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks
Artículo
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Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks
Cole Trapnell; Adam Roberts; Loyal A. Goff; Geo Pertea; Daehwan Kim; David R. Kelley; Harold Pimentel; Steven L. Salzberg · Nature Protocols · 2012
Materias / palabras clave: RNA-Seq; Computational biology; Biology; Computer science; Gene; Transcriptome; splice; Reference genome; RNA splicing; Software; Genome; RNA
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Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells
Artículo
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Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells
Sayda M. Elbashir; Jens Harborth; Winfried Lendeckel; Abdullah Yalçın; Klaus Weber; Thomas Tuschl · Nature · 2001
Materias / palabras clave: RNA interference; RNA silencing; Trans-acting siRNA; RNA; RNA-induced transcriptional silencing; Small interfering RNA; Biology; RNA-induced silencing complex; Gene silencing; DNA-directed RNA interference; Gene; Molecul...
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In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands
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In vitro selection of RNA molecules that bind specific ligands
Andrew D. Ellington; Jack W. Szostak · Nature · 1990
Materias / palabras clave: RNA; Sequence (biology); Molecule; Chemistry; In vitro; Riboswitch; Binding site; Computational biology; Population; Biology; Biochemistry; Non-coding RNA
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Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq
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Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq
A Mortazavi; Brian A. Williams; Kenneth McCue; Lorian Schaeffer; B Wold · Nature Methods · 2008
Materias / palabras clave: Exon; splice; Biology; Gene; RNA; Transcriptome; RNA-Seq; Genetics; Gene expression; Alternative splicing; RNA splicing; Computational biology
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Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification
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Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification
Nicolas Bray; Harold Pimentel; Páll Melsted; Lior Pachter · Nature Biotechnology · 2016
Materias / palabras clave: Laptop; RNA-Seq; Computer science; Bottleneck; Probabilistic logic; RNA; Computational biology; Algorithm; Artificial intelligence; Biology; Genetics; Gene
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Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans
Artículo
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Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans
Andrew Fire; Siqun Xu; Mary K. Montgomery; Steven A. Kostas; Samuel E. Driver; Craig C. Mello · Nature · 1998
Materias / palabras clave: RNA interference; RNA; Caenorhabditis elegans; Biology; DNA-directed RNA interference; Endogeny; Messenger RNA; Cell biology; RNA silencing; Interference (communication); Small interfering RNA; Sense (electronics)
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Single-Step Method of RNA Isolation by Acid Guanidinium Thiocyanate–Phenol–Chloroform Extraction
Artículo
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Single-Step Method of RNA Isolation by Acid Guanidinium Thiocyanate–Phenol–Chloroform Extraction
P CHOMZYNSKI · Analytical Biochemistry · 1987
Materias / palabras clave: RNA extraction; Chloroform; Extraction (chemistry); Phenol; Chemistry; RNA; Thiocyanate; Chromatography; Isolation (microbiology); Phenol extraction; Yield (engineering); Biochemistry
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Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction
Artículo
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Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction
Piotr Chomczyński; Nicoletta Sacchi · Analytical Biochemistry · 1987
Materias / palabras clave: RNA extraction; Chloroform; Phenol; Extraction (chemistry); Chemistry; Thiocyanate; Chromatography; RNA; Isolation (microbiology); Phenol extraction; Yield (engineering); Biochemistry
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Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation
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Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation
Cole Trapnell; Brian A. Williams; Geo Pertea; A Mortazavi; Gordon Kwan; Marijke J. van Baren; Steven L. Salzberg; B Wold · Nature Biotechnology · 2010
Materias / palabras clave: Biology; RNA-Seq; Gene; RNA splicing; Transcriptome; Computational biology; Alternative splicing; Genetics; Genome; De novo transcriptome assembly; Gene expression; Gene isoform
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